Toàn bộ bờ biển của vườn quốc gia này là một khu vực bảo tồn đặc biệt, chạy từ bán đảo Llŷn xuống đến bờ biển miền trung Wales, bờ biển miền trung Wales có hệ thống cồn cát có giá trị. Rừng tự nhiên của vườn quốc gia này là các loại cây rụng lá hỗn hợp, cây phổ biến nhất là gỗ sồi Welsh. Chi cáng lò, hạt dẻ cũng rất phổ biến. Vườn quốc gia cũng có chứa một số khu vực rừng lá kim rộng lớn như rừng Gwydir gần Betws-y-Coed, mặc dù một số khu vực, đã từng bị thu hoạch, hiện nay đang ngày càng phát triển trở lại lại một cách tự nhiên.

Bắc Snowdonia là nơi duy nhất ở Anh có lloydia serotina-một loại cây vùng núi Bắc cực, bọ cánh cứng Snowdon được tìm thấy, và nơi duy nhất trên thế giới mà có cây cúc Hieracium snowdoniense.

Một trong những vấn đề lớn đối với vườn quốc gia này trong những năm gần đây là sự tăng trưởng của Rhododendron ponticum.[6] Loài xâm lấn này phát triển nhanh chóng và có xu hướng lấn chiếm các loài bản địa. Nó có thể phát triển cao chót vót và có một loại nấm đồng mọc trên rễ của nó sản xuất ra các độc tố rất độc hại cho bất kỳ loài thực vật và động vật nào. Kết quả là, có một số danh lam thắng cảnh đã bị tàn phá.